Природного в Японии весьма много. Самое конечно интересное на мой взгляд это естественные горячие источники. Они есть между Токио и Осакой, наверное есть в районе Нары и Киото, в общем везде.
В Осаке просто знаю не особо природный, но очень классный онсен на крыше 8-ми этажного дома - почитай мой ЖЖ прошлого ноября. Там же и ресторан отличный...
Вообще в плане что поесть попить - обращайся тоже - плохого совета не дам! :-)