В энциклопедии Freedictionary.com читаем: «Пиндос (или пиндосян) — прозвище родилось во время операции ООН в Косово. Его придумали русские солдаты, размещенные в аэропорте Приштины».
Наиболее убедительная этимология: "«Пиндосы» на сербско-хорватском языке означает «пингвины». Дело в том, что американские военные всегда ходили в полном обмундировании, в бронежилетах, с фонариками, рациями и т. п., и при этом смешно переваливались с ноги на ногу, подобно пингвинам".
Ну, а фонетическая близость к слэнговому обозначению педераста сообщила кличке добавочную хлесткость.
Пенять тут не на что. Язык живет, значение слов меняется. Упомянутое Вами слово "жид" имело, к примеру, в 19-м веке совсем другую, не оскорбительную коннотацию.